Das Kloster des Heiligen Johannes von Dukla ist die wichtigste polnische Kultstätte dieses Schutzpatrons der Erzdiözese Przemyśl und des polnischen Rittertums. Die erste Holzkirche wurde hier einige Jahre nach der Seligsprechung des Mönchs auf einem Grundstück errichtet, das von Józef Wandalin Mniszech, dem Vater des oben genannten Jerzy, gestiftet wurde. Die Kirche wurde 1742 geweiht und daneben ein Kloster errichtet. Bereits 1761 wurde mit dem Bau einer neuen, diesmal gemauerten Backsteinkirche begonnen, die 1764 geweiht wurde. Erst in den 1770er Jahren erhielt sie eine Barockfassade und zwei beeindruckende Türme, die vom Erbauer der Kirche Jerzy August Mniszch finanziert wurden.
Das heutige Erscheinungsbild des Tempels ist wiederum auf den Wiederaufbau nach dem Brand zurückzuführen, der die Kirche 1835 zerstörte und so große Verluste verursachte, dass seine Restaurierung bis zum Beginn des 20. Jahrhunderts andauerte. Zu dieser Zeit entstand auch das vom Maler Tadeusz Popiel gemalte Polychrom, das das Leben und den Kult von Jan von Dukla darstellt.
1974 wurden die Reliquien von gesegnetem Johannes nach Dukla gebracht, die 1946 aus Lemberg genommen und bei den Bernhardiners in Rzeszów gelagert wurden. Schließlich wurde das Heiligtum 1997 von Papst Johannes Paul II besucht, der während seiner Pilgerreise nach Polen Johannes von Dukla am Flughafen in Krosno in Anwesenheit von fast 700.000 Menschen heilig sprach.