Svätyňa svätého Jána Dukelského je hlavným poľským miestom uctievania tohto patróna przemyskej arcidiecézy a poľského rytierstva. Prvý drevený kostol tu bol postavený niekoľko rokov po blahorečení mnícha na pozemku, ktorý daroval Jozef Wandalin Mniszech, otec spomínaného Juraja. Kostol bol vysvätený v roku 1742 a vedľa neho bol postavený kláštor. Avšak už v roku 1761 sa začala výstavba nového, tentoraz murovaného kostola, ktorý bol vysvätený v roku 1764 Barokovú fasádu a dve impozantné veže mu však dal postaviť až v 70. rokoch 17. storočia staviteľ paláca Dukla Jiří August Mniszech.
Dnešná podoba chrámu je zasa výsledkom rekonštrukcie po požiari, ktorý chram zničil v roku 1835 a spôsobil také veľké škody, že jeho obnova trvala až do začiatku 20. storočia. V tom čase vznikla aj polychrómia od maliara Tadeusza Popiela, ktorá zobrazuje život a kult Jána z Dukly.
V roku 1946 boli relikvie blahoslaveného Jána prevezené zo Ľvova a uložené u bernardínov v Rzeszowe. V roku 1974 boli relikvie blahoslaveného Jána prevezené na Duklu. Napokon v roku 1997 navštívil svätyňu pápež Ján Pavol II., ktorý počas svojej púte do Poľska kanonizoval Jána Dukelského na letisku v Krosne za prítomnosti takmer 700 000 veriacich.