Sanktuarium św. Jana z Dukli jest głównym polskim miejscem kultu tego patrona archidiecezji przemyskiej i rycerstwa polskiego. Pierwszy, drewniany kościół stanął tu kilka lat po beatyfikacji zakonnika, na parceli podarowanej przez Józefa Wandalina Mniszcha, ojca wspomnianego wcześniej Jerzego. Konsekracja świątyni miała miejsce w 1742 r., wybudowano przy niej także klasztor. Już jednak w 1761 r. przystąpiono do budowy nowego, tym razem murowanego kościoła, który został poświęcony w 1764 r. Dopiero jednak w latach 70. XVIII w. zyskał barokową fasadę i dwie imponujące wieże, ufundowane przez budowniczego dukielskiego pałacu - Jerzego Augusta Mniszcha.
Obecny wygląd świątyni to z kolei zasługa odbudowy po pożarze, który strawił kościół w 1835 r., czyniąc tak ogromne straty, że jego restauracja trwała aż po początek XX w. Wówczas powstała także polichromia wykonana przez artystę malarza Tadeusza Popiela, przedstawiająca życie i kult Jana z Dukli.
W 1974 r. sprowadzono do Dukli relikwie bł. Jana, w 1946 r. wywiezione ze Lwowa i przechowywane u Bernardynów w Rzeszowie. Wreszcie w 1997 r. sanktuarium odwiedził papież Jan Paweł II, który w czasie swej pielgrzymki do Polski kanonizował Jana z Dukli na lotnisku w Krośnie, w obecności blisko 700 tys. Wiernych.